Die Marktkirche war in großer Gefahr. Feuchtigkeitsschäden am Dach und im Kirchenfundament blieben lange verborgen und hatten so zu umfangreichen Schäden geführt. Teile der Dachsparren waren zerstört. Im Fundament, das aus Grauwackesteinen gemauert ist, hatten sich Risse gebildet, so dass sich die Statik des Fachwerks verschoben hatte. Dadurch war die Stabilität des Gebäudes beeinträchtigt. Besondere Probleme gab es beim Turm, der sich bedrohlich nach Südwesten neigte. Abtragung und Wiederaufbau des Turmes fanden 2007 ein großes Medienecho.

In den Jahren 2001 bis 2013 wurden außerdem das Dach der Marktkirche neu gedeckt (wieder mit Walzblei), die geschädigten Balkenteile im Dachstuhl ausgewechselt, die Dachgauben erneuert, die verrotteten Schwellenbalken im Fundament ausgetauscht, wofür das Bauwerk umfangreich abgestützt werden musste, die Außenverschalung der Marktkirche vollständig erneuert. Seit 2011 wird auch der Innenraum saniert.

Gutachten gehen von einem Finanzbedarf von mehr als 10 Millionen Euro für die gesamte Sanierung aus. Zahlreiche Institutionen fördern die Renovierung, deren Schirmherrschaft der niedersächsische Ministerpräsident übernommen hat. Die Clausthaler Kirchengemeinde muss und will zu jedem der notwendigen Finanzierungsabschnitte etwa 100 000 Euro selbst beitragen.