In Clausthal-Zellerfeld gibt es eine Vielzahl von Kirchengemeinden, die für eine Stadt dieser Größe erstaunlich ist. Sie stehen in engem Kontakt und praktizieren lebendige Ökumene - z. B. bei großen Kirchenveranstaltungen oder der Essenstafel Lazarus. Sie laden einander zu Veranstaltungen ein, und der beliebte ökumenische Chor singt in allen Gotteshäusern.

- ev. luth. Kirchengemeinde Clausthal (Marktkirche)
- ev. luth. St. Salvatoris-Gemeinde Zellerfeld
- ev. Kapellengemeinde Buntenbock
- freikirchliche Pfingstgemeinde
- katholisch-apostolische Gemeinde
- kath. St. Nikolausgemeinde
- Islamische Studentengemeinschaft