Der Innenraum der Marktkirche ist eine von hohen Fichtenstämmen getragene, holztonnengewölbte dreischiffige Halle mit doppelter Nord-, West- und Südempore. Die Innenausstattung ist äußerst prächtig dank zahlreicher Stiftungen wohlhabender Clausthaler Bergbeamter. Kunsthistorisch bedeutsam sind die Kombination des weiten Altarraumes mit der eindrucksvollen Emporenhalle und Kanzel, Taufstein, Orgel und Altar.

Orgel
Der kunstvoll geschnitzte Orgelprospekt wurde 1759 von Albrecht Unger aus Nordhausen geschnitzt. Die heutige Orgel von 1975 stammt von der Göttinger Firma Paul Ott. Es ist eine Schleifladenorgel mit mechanischer Spieltraktur und elektrischer Registersteuerung. Die größte der Pfeifen ist über 5 Meter lang, die kleinste misst etwa 1 Zentimeter.

Altar
Der Altar wurde 1642 von Andreas Gröber aus Osterode geschnitzt und ist das Vorbild für den Altar in der Goslarer Marktkirche. Der Wirkungsbereich des Künstlers und seiner Werkstatt ging weit über den Harz hinaus.

Stiftungen
Wohlhabende Familien begünstigten die Marktkirche mit zahlreichen kostbaren Stiftungen. So stiftete z.B. Oberbergmeister Georg Illing zur Einweihung der Kirche 1642 den künstlerisch wertvollen Altaraufsatz. Sein Enkel, Bergfaktor Georg Illing (der Bruder des Markscheiders Adam Illing, dessen berühmter Riss der Clausthaler Gruben von 1661 heute im Archiv des Landesamtes für Bergbau, Geologie und Energie verwahrt wird) und seine Ehefrau Dorothea Elisabeth geb. Mecke stifteten der Kirche 1660 den großen Messingleuchter, der einen Bergmann mit dem Schwan trägt. Im Altarraum hängen zwei ca. 4 m hohe, mit Bildnis, Wappen, Inschrift und prunkvollen vergoldeten Ornamenten versehene barocke Epitaphe. Sie erinnern an den 1698 verstorbenen Zehntner August Matthias Berward und seine Frau Sophia Katharina Berward geb. Illing, die im 31. Lebensjahr bei der Geburt ihres 12. Kindes verstarb. Viele der Stifter sind in der Marktkirche beigesetzt, woran die hinter dem Altar befindlichen Grabplatten erinnern.(hz/HA)